Siamo nell'anno 2030, e la città di Tokyo non esiste più. Essa è stata rasa al suolo poco più di trenta anni prima dalla caduta di quattro enormi meteoriti che ancora oggi caratterizzano lo skyline di Megalocity, la città risorta nella baia di Tokyo dalle ceneri della capitale giapponese distrutta. Ma non c'è pace per gli abitanti della nuova modernissima città. Il loro faticoso tentativo di ritornare alla normalità è infatti disturbato e minacciato dagli Yoma, creature extradimensionali disposte a tutto pur di conquistare il nostro mondo, partendo appunto da Megalocity. Dove proprio i quattro meteoriti, denominati “yomaliti”, forniscono agli Yoma una porta di accesso preferenziale alla nostra dimensione. A contrastarli vi sono Ryo Hibiki e Chuck Sweagger, gli ultimi due sopravvissuti del “progetto Borgman”, che prevedeva di trasformare aspiranti astronauti in cyborg per permettere loro di sopravvivere alle difficili condizioni esterne nello spazio.