Siamo nel 2029 e l'età dell'oro dei potenziamenti è finita. Gli esseri umani potenziati sono stati dichiarati fuorilegge e vivono completamente segregati dal resto della società. Adam Jensen è ormai un esperto agente dell'antiterrorismo, ma si muove in un mondo che disprezza quelli come lui. Dotato di un nuovo arsenale di armi e potenziamenti di ultima generazione, dovrà scegliere una strategia e capire di chi può fidarsi veramente per riuscire a sventare una cospirazione mondiale.