Bronx, 1964: sorella Aloysius opera in una scuola cattolica; nello stesso istituto lavora padre Flynn, che attira i sospetti della religiosa per via del suo interesse verso un giovane di colore. Di fronte alle richieste di chiarimenti, il prete nega tutto: ma lei, non convinta, prosegue nelle sue ricerche fino a sollevare un vero caso.