Granblue Fantasy è ambientato nel mondo celeste, un regno di cieli sconfinati punteggiati da una miriade di isole fluttuanti. Nel gioco, interpreterai il ruolo del comandante di una ciurma di navigatori dei cieli. Al tuo fianco, il piccolo drago Vyrn e una ragazza dai poteri misteriosi di nome Lyria. Insieme a una variopinta banda di campioni e reietti, salperai in direzione di Estalucia, una leggendaria isola situata oltre i confini dei cieli...