Trama
In questa serie le tartarughe dovranno affrontare i soldati del Clan del Piede con al comando del temibile Shredder, che uccise per errore Hamato Yoshi, il maestro di Splinter, che si scoprirà in seguito essere un alieno Utrom malvagio di nome Ch'Rell (una razza pacifica, eccetto Shredder, che si schiantò in sulla Terra nel Giappone feudale). Oltre a lui dovranno affrontare anche i robot creati dal folle Baxter Stockman (che diventerà lui stesso un cyborg a causa di un incidente) e diverse razze aliene. Verranno affiancati dal loro saggio maestro Splinter, da April O'Neil (una scienziata che lavorava per Stockman) e dal misterioso giustiziere mascherato, Casey Jones.