System Ninja è un software che si prefigge come obiettivo quello di eliminare, rapidamente, tutto ciò che di superfluo è conservato sul disco fisso.
Per la pulizia del disco fisso, System Ninja utilizza diversi approcci: è possibile limitarsi alla cancellazione dei file temporanei e della cronologia dei browser web oppure spingersi alla rimozione di tutti quei file che sono rilevati come inutili.